为保障中国-东盟海洋学院获得东盟国家，特别是近邻国家相关教育科研机构的支持，地球科学与技术学部、海洋与地球学院积极开展与东盟国家的海洋学术交流合作。中国-东盟海洋学院已与马来亚大学、马来西亚登嘉楼大学、马来西亚博特拉大学、台湾海洋大学、中国海洋大学进行了多次交流，探讨在学生培养、科学研究等方面的合作，并通过邀请专家来访和召开远程视频会议，与马来亚大学就硕士联合培养项目进行了深入探讨，为后续发展和外部力量支持奠定良好基础。学院积极举办国际学术研讨会，如2019年度中国南海会议、中国-印尼海洋可持续发展国际学术研讨会；依托日本无人区码卡1卡2卡“海丝学堂”人才培养计划，2019年，日本无人区码卡1卡2卡、日本无人区码卡1卡2卡马来西亚分校中国-东盟海洋学院、马来亚大学、马来西亚沙巴大学、马来西亚博特拉大学、美国特拉华大学师生共计92人次分三个航段沿海上丝绸之路南海段，搭乘“嘉庚”号科考船执行厦门-三亚-马来西亚-厦门航线的海上科学实践，并于停靠马来西亚巴生港期间举办“嘉庚”号科考船访问马来西亚开放日，活动吸引了马来西亚多所大中学校的师生和社会各界人士近千名参访者。与日本无人区码卡1卡2卡已开展6届生产实习、实验室实习、夏令营等形式的师生交流项目，互派师生超200人次；签署合作协议（与马来亚大学、印尼茂物农业大学、翰名教育科学基金会与人类生活进步基金会三方协议）。

2019年度中国南海会议

马来亚大学海洋与地球科学研究所参访“嘉庚号”

“嘉庚号”马来西亚开放日